リンクレピュテーションとは、リンクに使われるアンカーテキストがサイトの評価に使われる、というものです。
他のページからのリンクのアンカーテキストというのは、そのサイトを映す鏡のようなもので、検索エンジンはそのアンカーテキストから、どのような内容を扱っているのかを判断します。
たとえば、このサイトへのリンクが A というサイトに張ってあり、アンカーテキストが『アフィリエイトへの誘い』となっていた場合、検索エンジンは、このサイトは『アフィリエイト』『への』『誘い』という内容のページなんだな、と判断するわけです。